Nachdem weltweit die gleichen geheimnisvollen Zeichen in antiken Stätten und Orten aus vergangenen Tagen gefunden wurden, die alle auf ein bestimmtes Ziel im Universum hindeuten, macht sich im Jahr 2093 eine Forschergruppe um Elizabeth Shaw (Noomi Rapace) und Charlie Holloway (Logan Marshall-Green) auf den Weg. Sie erhalten von der Weyland Corporation, vertreten durch Meredith Vickers (Charlize Theron), den Auftrag, an entlegenen Orten im Universum den Ursprung der Menschheit zu untersuchen.