200 Jahre nach ihrem Tod wird Ellen Ripley (Sigourney Weaver) von Wissenschaftlern des Forschungsraumschiffs Auriga geklont. Dabei schneiden die Forscher Ripley eine Alienkönigin aus dem Körper, die nun zu einer militärischen Kampfmaschine herangezüchtet werden soll. Als Weltraumpiraten das Forschungsschiff entern, kommt es zu einem unvorhergesehenen Zwischenfall, der bald alle an Bord - darunter Annalee Call (Winona Ryder) und der Pirat Johner (Ron Perlman) - in einen blutigen Kampf mit den