In der finalen Staffel beginnt ein neues Leben für Shaun (Freddie Highmore) und seiner Partnerin Lea (Paige Spara), die sich nun mit neuen Herausforderungen und Gefühlen nach der Geburt ihres Sohnes Steve konfrontiert sehen. Beide müssen herausfinden, wie sie ihren Sohn erziehen möchten und sind dabei nicht immer einer Meinung. Im Krankenhaus sieht sich Shaun mit einer anderen schwierigen Entscheidung als Chirurg und frischgebackener Vater konfrontiert: Zwei Babys benötigen dringend ein neues

Bei einem Einsatz wird die Kree-Soldatin Vers von den Skrull gefangengenommen. Als die Gestaltenwandler auf Anweisung ihres Kapitäns Talos versuchen, mit einer Maschine Informationen aus dem Gehirn ihrer Geisel herauszuziehen, kann Vers mit einer Fluchtkapsel entkommen, woraufhin sie anschließend in den USA der 1990er Jahre durch das Dach einer Videothek kracht. Während die S.H.I.E.L.D.-Agenten Nick Fury und Phil Coulson erst einmal alles daransetzen, die vermeintliche Außerirdische zu fangen,