Lange bevor sie zu erbitterten Feinden wurden, waren Charles „Professor X“ Xavier (James McAvoy) und Erik „Magneto“ Lehnsherr (Michael Fassbender) enge Freunde. Mit ihren ungeheuren Mutanten-Kräften versuchen sie in den 1960ern, den Lauf einer Welt zu korrigieren, die im Angesicht der Kuba-Krise ins Chaos zu entgleisen droht. Zu diesem Zweck gründen sie eine geheime Privatschule für „begabte Jugendliche“ – denn sie wissen längst, dass sie nicht die einzigen Mutanten sind. Doch der behütet

Ein Mann (Matt Damon) wird ohne Erinnerungsvermögen und mit schweren Schussverletzungen im Mittelmeer gefunden. Der Mann ohne Identität findet schließlich heraus, dass er Jason Bourne heißt und für die CIA gearbeitet hat. Diese hat jedoch Killer auf ihn gehetzt, was er sich nicht recht erklären kann. Ein Laserimplantat in seinem Rücken enthält den Verweis auf ein Schweizer Bankkonto. Auf diesem Konto findet er eine große Menge Geld, mehrere internationale Ausweise und einen Revolver.

Aus der Sicht einer Einheit amerikanischer Soldaten beginnt der Film am Tag der historischen D-Day-Invasion des 2. Weltkrieges mit der Landung am Strand. Von hier aus startet die Einheit zu einem gefährlichen Sonderauftrag: Captian John Miller muss mit seinen Männern hinter die feindlichen Linien dringen, um den Gefreiten James Ryan zu finden, dessen drei Brüder auf dem Schlachtfeld gestorben sind. Angesichts dieser schier unlösbaren Aufgabe beginnen die Männer an ihren Befehlen zu zweifeln.