Ein ehemaliger CIA-Agent, der zum Maler wurde, wird in eine gefährliche Welt zurückgeworfen, als eine mysteriöse Frau aus seiner Vergangenheit wieder auftaucht. Nun ist er einem erbarmungslosen Killer und einem abtrünnigen Black-Ops-Programm ausgeliefert und muss sich in einem Spiel ums Überleben auf Fähigkeiten verlassen, die er hinter sich gelassen zu haben glaubte.

Das Raumschiff Enterprise wird wieder startklar gemacht und so geht die Crew um Captain Kirk (Chris Pine) auf eine neue, interstellare Mission. Doch noch während sie unterwegs im All sind, werden sie vom feindseligen Außerirdischen Krall (Idris Elba) und seinen Schergen angegriffen, was in einer Katastrophe mündet: Die Enterprise wird vollständig vernichtet und die einzelnen Besatzungsmitglieder müssen notgedrungen Zuflucht auf dem fremden Planeten Altamid suchen. Weit voneinander getrennt,

Der Krieg, den Koba mit den von der Seuche stark dezimierten Menschen angezettelt hat, ist in vollem Gange. Affen-Anführer Caesar geht es dabei gar nicht länger ums Gewinnen, er will lediglich einen Weg finden, wie er mit seinem Stamm in Frieden leben kann. Doch eine Spezialeinheit unter Führung des brutalen Colonel will Caesar um jeden Preis tot sehen und so werden im Urwald vor den Toren San Franciscos weiterhin blutige Gefechte ausgetragen, die in einem heimtückischen Anschlag auf das