In der finalen Staffel beginnt ein neues Leben für Shaun (Freddie Highmore) und seiner Partnerin Lea (Paige Spara), die sich nun mit neuen Herausforderungen und Gefühlen nach der Geburt ihres Sohnes Steve konfrontiert sehen. Beide müssen herausfinden, wie sie ihren Sohn erziehen möchten und sind dabei nicht immer einer Meinung. Im Krankenhaus sieht sich Shaun mit einer anderen schwierigen Entscheidung als Chirurg und frischgebackener Vater konfrontiert: Zwei Babys benötigen dringend ein neues

Shaun (Freddie Highmore) und Lea (Paige Spara) wollen endlich heiraten und ihre Hochzeit feiern. Doch plötzlich gibt es einen gewalttätigen Angriff im Krankenhaus und das gesamte Team muss sich zusammenraufen, um den Opfern zu helfen. Eine weitere Anstrengung, die sich auf Shaun auswirkt. Später müssen Dr. Shaun Murphy und Dr. Alex Park ihren ersten Tag als Oberärzte absolvieren und die Assistenzärzte aus dem ersten Jahr betreuen. Einen sehr guten ersten Eindruck machen hierbei Dr. Danica

Shaun Murphy ist anders als seine Kollegen: Der autistische Chirurg ist inselbegabt und sowohl durch sein tiefgehendes medizinisches Verständnis als auch durch seine scharfsinnigen medizinischen Diagnosen ein echtes Genie. Sein Mentor und Jugendbekannter Dr. Aaron Glassman hält daher große Stücke auf Shauns Fähigkeiten und verschafft ihm als Klinikchef des St. Bonaventure Hospitals in San José einen Job als Assistenzarzt in der dortigen Chirurgie.