Ein Mann (Matt Damon) wird ohne Erinnerungsvermögen und mit schweren Schussverletzungen im Mittelmeer gefunden. Der Mann ohne Identität findet schließlich heraus, dass er Jason Bourne heißt und für die CIA gearbeitet hat. Diese hat jedoch Killer auf ihn gehetzt, was er sich nicht recht erklären kann. Ein Laserimplantat in seinem Rücken enthält den Verweis auf ein Schweizer Bankkonto. Auf diesem Konto findet er eine große Menge Geld, mehrere internationale Ausweise und einen Revolver.

Die verwöhnte Abby (Britanny Murphy) begibt sich mit ihren Freund Ethan (Gabriel Mann) nach Toyko, doch er haut bald nach Osaka ab und kommt nicht mehr wieder. Alleine versucht sie sich durch Tokyo zu schlagen- mit schlechtem Japanisch und langweiligem Job bei einer Anwaltskanzlei. Eines Tages stolpert sie in den Ramen-Shop des alternden Besitzers Maezumi (Toshiyuki Nishida) und dessen Frau Reiko (Kimiko Yo). Da die Suppe sie augenblicklich aufmuntert, beschließt sie, sich dankbar zu zeigen und

Jason Bourne und seine Lebensgefährtin Marie leben zurückgezogen in Indien, doch der immer noch unter Amnesie leidende Jason wird jede Nacht von Alpträumen gequält. Als in Berlin zwei Agenten getötet werden, schiebt man ihm die Schuld in die Schuhe. Wieder setzt die CIA Agenten auf Bourne an und er und Marie müssen flüchten. Doch als die CIA-Killer Marie töten dreht Jason den Spieß um...