Auf Grund des massiven Wirbels, den der Bourne-Skandal hervorgerufen hat, sind die amerikanischen Geheimdienste gezwungen, die „Operation Outcome” – die Weiterentwicklung der Jason-Bourne-Operation - auf Eis zu legen. Der verantwortliche Byer (Edward Norton) beschließt, alle Agenten und sonstiges beteiligtes Personal eliminieren zu lassen. Doch Aaron Cross (Jeremy Renner), einer der Soldaten, die durch „Outcome“ mit Hilfe vom Medikamenten zu Superkriegern hochgerüstet wurden, überlebt.

Im dritten Teil der „Bourne-Trilogie“ steht Ex-Agent Jason Bourne (Matt Damon) vor der Aufgabe, die letzten Bausteine um seine mysteriöse Vergangenheit zusammenzusetzen. Dabei muss er feststellen, dass der CIA weiterhin mit allen Mitteln versucht, ihn auszuschalten, da die Wahrheit für einige Leute des Geheimdienstes unangenehme Folgen haben könnte. Denn das Profikiller-Programm, aus dem auch Jason Bourne hervorgegangen ist, wurde keineswegs eingestellt, sondern nur weiterentwickelt. So werden

Der aufgeweckte kleine Jack wird wie andere Jungen seines Alters von seiner fürsorglichen Mutter geliebt und behütet. Ma wendet viel Zeit für den Fünfjährigen auf, liest ihm vor, spielt mit ihm und verbringt nahezu jeden Augenblick ihres Lebens mit ihrem Sohn. Doch ihr bleibt auch kaum etwas anderes übrig, da das Leben der Familie alles andere als normal ist: Denn die beiden sind in einer winzig kleinen, fensterlosen Hütte eingesperrt. Ma hat ihre Phantasie spielen lassen, um Jack die Wahrheit,

Für Parker Wilson ist es ein Abend wie jeder andere. Er ist wie immer mit dem 17-Uhr-Zug aus Providence auf dem Bahnhof von Bedrigde angekommen und will weiter nach Hause. Doch dann läuft dem Professor ein kleiner Hund zwischen die Beine. Seine Versuche, noch vor Ort herauszufinden, wem der Welpe gehört, scheitern. Und auch Carl, der Bahnhofsvorsteher, will dem niedlichen Kleinen kein Asyl gewähren. Also nimmt Parker ihn mit. Als Parkers Frau Cate den Welpen sieht, macht sie unmissverständlich

Jason Bourne und seine Lebensgefährtin Marie leben zurückgezogen in Indien, doch der immer noch unter Amnesie leidende Jason wird jede Nacht von Alpträumen gequält. Als in Berlin zwei Agenten getötet werden, schiebt man ihm die Schuld in die Schuhe. Wieder setzt die CIA Agenten auf Bourne an und er und Marie müssen flüchten. Doch als die CIA-Killer Marie töten dreht Jason den Spieß um...