Es scheint Ewigkeiten her zu sein, dass Sakuta Azusagawa und Mai Sakurajima zueinander gefunden haben. Doch ihre harmonische Beziehung wird auf eine harte Probe gestellt, als Sakutas erste große Liebe Sh?ko Makinohara auftaucht und kurzerhand bei ihm einzieht! Damit nicht genug, denn es scheinen zwei verschiedene Versionen von ihr zu existieren: Neben der erwachsenen Sh?ko trifft Sakuta auch auf Sh?kos jüngeres Ich, das noch in der Mittelschule ist und anscheinend an einer schweren Krankheit

Nach dem Heath-Oslo-Vorfall ist die Existenz der US-japanischen Anti-Terror-Organisation CIRS der Öffentlichkeit bekannt geworden. Daraufhin wurde CIRS von Grund auf neu aufgebaut und die verschiedenen Funktionen wurden der neuen Organisation SORD („Social Ops, Research & Development“) übertragen. Das Ziel von SORD ist es, eine neue Generation von Agenten zu trainieren, die das Land gegen zukünftige Bedrohungen verteidigen sollen. Zu diesem Zweck hat die Organisation eine Reihe von Schulen