Nach ihrem endgültigen Sieg über den bösen Schredder haben sich die vier Ninja-Kampfschildkröten mit ihrem Meister Splinter (James Murray) abermals in der heimischen New Yorker Metro zurückgezogen. Dort trainieren sie tagein, tagaus ihre Kampfsportübungen und gehen vor Langerweile beinahe zugrunde. Umso mehr freuen sie sich, als ihre Freundin April (James Murray) zu Besuch kommt und ein antikes Zepter aus dem feudalen Japan mitbringt. Eigentlich als Geschenk gedacht, entpuppt sich das Utensil

Einst ließ eine grell-grün leuchtende Substanz vier Schildkröten zu menschenähnlichen Kampfmaschinen mutieren. Unter der Leitung ihres Meisters, der Ratte Splinter (Kevin Clash), haben sich Leonardo (Mark Caso), Michelangelo (Michelan Sisti), Donatello (Leif Tilden) und Raphael (Kenn Scott) dem Kampf gegen das Böse verschrieben. Doch das Geheimnis um ihre Vergangenheit beschäftigt die Ninja-Kröten nach wie vor. Als ihre Freundin, die Reporterin April O'Neil (Paige Turco), von den üblen