Nach ihrem endgültigen Sieg über den bösen Schredder haben sich die vier Ninja-Kampfschildkröten mit ihrem Meister Splinter (James Murray) abermals in der heimischen New Yorker Metro zurückgezogen. Dort trainieren sie tagein, tagaus ihre Kampfsportübungen und gehen vor Langerweile beinahe zugrunde. Umso mehr freuen sie sich, als ihre Freundin April (James Murray) zu Besuch kommt und ein antikes Zepter aus dem feudalen Japan mitbringt. Eigentlich als Geschenk gedacht, entpuppt sich das Utensil

Auf der Suche nach dem Mörder von Wangs Vater, verschlägt es die ungleichen Freunde Chon Wang und Roy O’Bannon nach London. Auch Wangs Schwester Lin will den Mord an ihrem Vater rächen und folgt dem Verbrecher nach England. Bei ihren Nachforschungen stoßen die drei auf eine großangelegte Verschwörung rund um die königliche Familie. Da ihnen niemand Glauben schenken will, nehmen sie die Sache selbst in ihre schlagkräftigen Hände. Um die Staatsoberhäupter zu retten und den Mörder seines Vaters