Nach ihrem endgültigen Sieg über den bösen Schredder haben sich die vier Ninja-Kampfschildkröten mit ihrem Meister Splinter (James Murray) abermals in der heimischen New Yorker Metro zurückgezogen. Dort trainieren sie tagein, tagaus ihre Kampfsportübungen und gehen vor Langerweile beinahe zugrunde. Umso mehr freuen sie sich, als ihre Freundin April (James Murray) zu Besuch kommt und ein antikes Zepter aus dem feudalen Japan mitbringt. Eigentlich als Geschenk gedacht, entpuppt sich das Utensil

In der Zukunft sind die Polkappen nach einer Klimakatastrophe geschmolzen und die Wassermassen haben die Kontinente überflutet. Die wenigen Menschen, die überlebt haben, leben auf Booten oder schwimmenden Atollen. Der Mariner (Kevin Costner) hat sich an diese lebensfeindliche Welt perfekt angepasst. Er ist ein Mutant und kann unter Wasser atmen, weswegen er die gewöhnlichen Menschen meidet. Nur ab und an muss Handel treiben, um seine Vorräte aufzustocken. Eines Tages entdecken die Bewohner