Auf Grund des massiven Wirbels, den der Bourne-Skandal hervorgerufen hat, sind die amerikanischen Geheimdienste gezwungen, die „Operation Outcome” – die Weiterentwicklung der Jason-Bourne-Operation - auf Eis zu legen. Der verantwortliche Byer (Edward Norton) beschließt, alle Agenten und sonstiges beteiligtes Personal eliminieren zu lassen. Doch Aaron Cross (Jeremy Renner), einer der Soldaten, die durch „Outcome“ mit Hilfe vom Medikamenten zu Superkriegern hochgerüstet wurden, überlebt.