Der Film spielt vier Jahre nach dem Ende von The Nun und folgt Schwester Irene bei ihren Ermittlungen in einem Mordfall in einem Internat in Frankreich. Während ihrer Ermittlungen ist sie erneut gezwungen, sich der dämonischen Kraft Valak, der Nonne, zu stellen.

John (Charlie Shotwell) ist 13 Jahre alt und hochintelligent, verliert sich aber oft in seiner Gedankenwelt. Zusammen mit seinen wohlhabenden Eltern Brad (Michael C. Hall) und Anna (Jennifer Ehle) sowie der älteren Schwester Laurie (Taissa Farmiga) lebt er in einem großen, modernen Haus am Stadtrand. Eines Tages spielt er mit seiner Kameradrohne nicht weit von seinem Zuhause in einem menschenleeren Waldstück. Da entdeckt er einen nicht fertiggebauten, aber tiefen Schacht im Boden. Vater und

Rumänien Anfang der 50er Jahre: In einem abgeschiedenen Kloster begeht die junge Nonne Victoria (Charlotte Hope) Selbstmord und der Fall schlägt hohe Wellen. Sogar der Vatikan ist daran interessiert, den mysteriös erscheinenden Todesfall zu untersuchen, und entsendet den Priester Burke (Demián Bichir). Begleitet wird Burke, der nach einem traumatischen Erlebnis mit seinem Glauben hadert, von der Novizin Irene (Taissa Farmiga), die als junges Mädchen Visionen von einer unheimlich aussehenden