Ein Mann (Matt Damon) wird ohne Erinnerungsvermögen und mit schweren Schussverletzungen im Mittelmeer gefunden. Der Mann ohne Identität findet schließlich heraus, dass er Jason Bourne heißt und für die CIA gearbeitet hat. Diese hat jedoch Killer auf ihn gehetzt, was er sich nicht recht erklären kann. Ein Laserimplantat in seinem Rücken enthält den Verweis auf ein Schweizer Bankkonto. Auf diesem Konto findet er eine große Menge Geld, mehrere internationale Ausweise und einen Revolver.

Undercover C.I.A.-Agent Sonni Griffith reist alleine nach Polen, um einen Waffenhändler zu entlarven und den Verkauf einer Atomwaffe zu verhindern. Als der Gangster seine wahre Identität erfährt, landet Griffith im Gefängnis, wird jedoch durch Intervention der C.I.A. schnell wieder freigelassen und soll nun die attraktive Russin Nadia in die Vereinigten Staaten begleiten. Griffith findet bald heraus, dass die eigenwillige Dame vom selben Waffenhändler verfolgt wird, den er vernichten wollte.